Initiativet til museet kom fra Stavanger rederiforening, Stavanger søemandsforening og Stavanger museum. Museet åpnet i 1926. I 1985 flyttet Stavanger maritime museum inn i sine nåværende lokaler i 200 år gamle sjøpakkhus og handelsbygninger i Strandgaten 17-19 i Vågen, kaien i Stavanger sentrum.
Foajeen, som også fungerer som kafé og museumsbutikk, ligger på gateplan og har store vinduer ut mot havnen, med fotgjengere, svaner, havet og fisketorget rett utenfor.